जापानी द्वीपसमूहको पहिलो मानव बासिन्दाहरू लगभग 38-39,000 वर्षहरू, प्यालेओलिथिकमा पत्ता लगाइएको थियो । [[१]] जोमोन अवधि, यसको डोरी-चिह्नित माटोको भाँडाको नामबाट नामकरण गरिएको थियो, यसपछि पहिलो सहस्राब्दी ईसापूर्वमा Yayoi अवधि पछि एशियाबाट नयाँ आविष्कारहरू प्रस्तुत गरियो। यस अवधिमा, जापानको पहिलो ज्ञात लिखित सन्दर्भ पहिलो शताब्दी ईस्वीमा चिनियाँ पुस्तक हानमा रेकर्ड गरिएको थियो।

ईसापूर्व तेस्रो शताब्दीको वरिपरि, महाद्वीपका यायोई मानिसहरू जापानी द्वीपसमूहमा बसाइँ सरेका थिए र फलामको प्रविधि र कृषि सभ्यताको परिचय दिए। तिनीहरूसँग कृषि सभ्यता भएको हुनाले, यायोइको जनसङ्ख्या द्रुत गतिमा बढ्न थाल्यो र अन्ततः जोमोन मानिसहरू, जापानी द्वीपसमूहका मूल निवासीहरू जो शिकारी-संग्रहकर्ता थिए। चौथो र नवौं शताब्दीको बीचमा, जापानका धेरै राज्यहरू र जनजातिहरू क्रमशः जापानका सम्राटद्वारा नियन्त्रित केन्द्रीकृत सरकार अन्तर्गत एकीकृत हुन थाले। यस समयमा स्थापित शाही वंश आज पनि जारी छ, यद्यपि लगभग पूर्ण रूपमा औपचारिक भूमिकामा। 794 मा, Heian-kyō (आधुनिक क्योटो) मा एक नयाँ शाही राजधानी स्थापना गरियो, Heian अवधि को शुरुवात को रूप मा, जुन 1185 सम्म चल्यो। हेयान काललाई शास्त्रीय जापानी संस्कृतिको स्वर्ण युग मानिन्छ। यस समयदेखि जापानी धार्मिक जीवनमा मूल शिन्तो अभ्यास र बौद्ध धर्मको मिश्रण थियो।

पछिल्ला शताब्दीहरूमा, शाही घरानाको शक्ति घट्दै गयो, पहिले नागरिक कुलीनहरूको ठूलो कुलमा पुग्यो - विशेष गरी फुजिवारा - र त्यसपछि सैन्य कुल र समुराईका तिनीहरूको सेनाहरूमा। मिनामोटो नो योरिटोमोको अधीनमा रहेको मिनामोटो कुलले 1180-85 को जेनपेई युद्धबाट आफ्नो प्रतिद्वन्द्वी सैन्य वंश, ताइरालाई पराजित गर्दै विजयी भएको थियो। सत्ता कब्जा गरेपछि, योरिटोमोले कामाकुरामा आफ्नो राजधानी स्थापना गरे र शोगुनको शीर्षक लिए। 1274 र 1281 मा, कामाकुरा शोगुनेटले दुई मंगोल आक्रमणहरूको सामना गर्‍यो, तर 1333 मा मुरोमाची अवधिको सुरुवात गर्दै, शोगुनेटको प्रतिद्वन्द्वी दावीकर्ताले यसलाई गिरायो। यस अवधिमा, शोगुनको खर्चमा डेमियो भनिने क्षेत्रीय युद्धका नेताहरू शक्तिमा बढे। अन्ततः, जापान गृहयुद्धको अवधिमा झर्यो। 16 औं शताब्दीको अन्ततिर, जापान प्रमुख डेमियो ओडा नोबुनागा र उनको उत्तराधिकारी टोयोटोमी हिदेयोशीको नेतृत्वमा पुनर्मिलन भयो। 1598 मा टोयोटोमीको मृत्यु पछि, टोकुगावा इयासु सत्तामा आए र सम्राटले शोगुन नियुक्त गरे। इडो (आधुनिक टोकियो) बाट शासन गर्ने टोकुगावा शोगुनेटले इडो अवधि (१६००–१८६८) भनेर चिनिने समृद्ध र शान्तिपूर्ण युगको अध्यक्षता गरेको थियो। टोकुगावा शोगुनेटले जापानी समाजमा कडा वर्ग प्रणाली थोपायो र बाहिरी संसारसँग लगभग सबै सम्पर्क काटिदियो।

पोर्चुगल र जापान 1543 मा सम्पर्कमा आए, जब पोर्चुगलहरू दक्षिणी द्वीपसमूहमा अवतरण गरेर जापान पुग्ने पहिलो युरोपेली बने। तिनीहरूले जापानमा महत्त्वपूर्ण प्रभाव पारेको थियो, यो प्रारम्भिक सीमित अन्तरक्रियामा पनि, जापानी युद्धमा बन्दुकहरू प्रस्तुत गर्दै। 1853-54 मा अमेरिकी पेरी अभियानले जापानको एक्लोपनलाई पूर्ण रूपमा समाप्त गर्यो; यसले शोगुनेटको पतन र 1868 मा बोशिन युद्धको समयमा सम्राटलाई शक्ति फिर्ता गर्न योगदान पुर्‍यायो। निम्न मेइजी अवधिको नयाँ राष्ट्रिय नेतृत्वले पृथक सामन्ती टापु देशलाई एक साम्राज्यमा परिणत गर्‍यो जसले पश्चिमी मोडेललाई नजिकबाट पछ्यायो र ठूलो शक्ति बन्यो। यद्यपि लोकतन्त्रको विकास भयो र आधुनिक नागरिक संस्कृति ताइसो अवधि (1912-26) मा समृद्ध भयो, जापानको शक्तिशाली सेनासँग ठूलो स्वायत्तता थियो र 1920 र 1930 को दशकमा जापानका नागरिक नेताहरूलाई उपेक्षा गरियो। जापानी सेनाले सन् १९३१ मा मन्चुरियामा आक्रमण गर्‍यो र १९३७ देखि यो द्वन्द्व चीनसँगको लामो युद्धमा परिणत भयो। 1941 मा पर्ल हार्बरमा जापानको आक्रमणले संयुक्त राज्य अमेरिका र यसको सहयोगीहरूसँग युद्धको नेतृत्व गर्यो। जापानको सेना चाँडै बढ्यो, तर सेनाले मित्र राष्ट्रहरूको हवाई आक्रमणको बावजुद आबादी केन्द्रहरूमा गम्भीर क्षति पुर्‍यायो। सम्राट हिरोहितोले हिरोसिमा र नागासाकीमा आणविक बम विष्फोट र मन्चुरियामा सोभियत आक्रमण पछि, अगस्त 15, 1945 मा जापानको आत्मसमर्पणको घोषणा गरे।

मित्र राष्ट्रहरूले 1952 सम्म जापानलाई कब्जा गरे, जसको अवधिमा 1947 मा नयाँ संविधान लागू गरियो जसले जापानलाई संवैधानिक राजतन्त्रमा परिणत गर्‍यो। 1955 पछि, लिबरल डेमोक्रेटिक पार्टीको शासन अन्तर्गत जापानले धेरै उच्च आर्थिक वृद्धिको आनन्द उठायो, र विश्व आर्थिक शक्ति घर बन्यो। 1990 को दशक देखि, जापानी आर्थिक वृद्धि सुस्त भएको छ।