सन १९३७ मा भएको कंसिलोको निर्वाचनहरूमा चक्रवर्तीको नेतृत्वमा कांग्रेसले मद्रास प्रान्तमा विजय प्राप्त गरे उनलाई मद्रासको मुख्यमन्त्री बनाइयो। १९३०मा१९३० मा ब्रिटिश सरकार र कांग्रेसको बीच मतभेद हुदै गर्दा कांग्रेसको सबै सरकारहरू भंग गरिएको थियों। चक्रवर्तीले पनि आफ्नो पदबाट राजिनामा दिए। यसै समय दोश्रो विश्व युद्धको प्रारम्भ भयो, कांग्रेस र चक्रवर्तीको बीच पुन: मन मुटाव भयो। यस पटक उनी गाँधी जीको पनि विरोधमा खडा थिए। गाँधी जीको विचार थियो कि ब्रिटिश सरकारलाई यस युद्धमा मात्र नैतिक समर्थन दियौ, त्यहीं राजा जीको भनाई थियो कि भारतलाई पूर्ण स्वतन्त्रता दिने शर्तमा ब्रिटिश सरकारलाई हरेक किसीमको सहयोग दियौ। यो मतभेद यति बढ्यो कि राजा जीले कांग्रेसको कार्यकारिणीको सदस्यताबाट राजिनामा दिए। यस पछि १९४२मा 'भारत छोडो' आन्दोलन प्रारम्भ भयो, त्यस बेला पनि त्यो अन्य कांग्रेसी नेताहरूको साथ गिरफ्तार भएर जेल गएनन। यसको अर्थ यो होईन कि उनी देशको स्वतन्त्रता संग्राम वा कांग्रेसबाट विमुख भएका थिए। आफ्नो सिद्धान्त र कार्यशैली अनुसार उनी यी दुबैसंग निरंतर जोडि रहे। उनको राजनीतिमा गहिरो पकड थियो। १९४२को इलाहाबाद कांग्रेस अधिवेशनमा उनले देशको विभाजनलाई स्पष्ट सहमति प्रदान गरे यद्यपि आफ्नो यस मतमा उनलाई सामान्य जनता र कांग्रेसको धेरै विरोध सहनु पर्यो, परन्तु उनले यसको परवाह गरेनन् इतिहास साक्षी छ कि १९४२मा उनले देशको विभाजनलाई सबैका विरोधका पछि पनि स्वीकार गरे, सन १९४७मा त्यही भयो। यही कारण हो कि कांग्रेसका सबै नेता उनको दूरदर्शिता र बुद्धिमत्तालाई फलाम मानिरहे। कांग्रेसबाट अलग हुदा पनि यो महसूस गरिएन कि उनी यसबाट अलग छन्।
