मुस्लिम लीगको नेताहरू - आगा खान, चौधरी रहमत अली र मोहम्मद अल्लामा इकबालले जिन्नासंग पटक-पटक आग्रह गरे कि उनी भारत फर्की आउन र पुनर्गठित मुस्लिम लीगको कमान सम्हालुन। १९३४मा१९३४ मा जिन्ना भारत फर्की आए र लीगको पुनर्गठन गरे। उस समयमा लियाकत अली खान उनको दाहिने हाथको सरह काम गर्दथे। १९३७मा१९३७ मा भएको सेंट्रल लेजिस्लेटिव असेम्बलीको निर्वाचनमा मुस्लिम लीगले कांग्रेसलाई कडा टक्कर दियो र मुस्लिम क्षेत्रको धेरै जसो सीटहरूमा कब्जा गर्यो। जबकी यस निर्वाचनमा मुस्लिम बहुल पञ्जाब, सिन्ध र पश्चिमोत्तर सीमान्त प्रान्तमा उनलाई करारी हारको सामना गर्नु पर्यो।
जिन्नाले कांग्रेसलाई गठबन्धनको लागी आमन्त्रित गरे। पहिला त दुबैले निर्णय गरे कि उनी अंग्रेजसंग मिलेर मुकाबला गर्ने छौ, तर जिन्नाले शर्त राखे कि कांग्रेसले मुसलमानहरूको लागी पृथक निर्वाचन क्षेत्र र मुस्लिम लीगलाई भारतको मुसलमानहरूको प्रतिनिधि मान्नु पर्दछ, जसलाई कांग्रेसले अस्वीकार गरि दिए। कांग्रेसमा त्यस समय केही मुस्लिम नेता थिए, यसकारण लीगलाई भारतीय मुसलमानहरूको प्रतिनिधि मान्नु उनीहरूको लागी सजिलो थिएन। जिन्नाले केही कांग्रेस नेताहरूसंग कुराकानी पनि गरे र कांग्रेसले लीगलाई कांग्रेसमा विलय गर्ने प्रस्ताव पनि पेश गरे तर वार्ता फेरी पनि विफल भयो।
जिन्ना पूरे हिन्दुस्तानमा घूम घूम कर भाषण दिईरहेका थिए। १९३०मा१९३० मा मुस्लिम लीगको एक भाषणमा मोहम्मद इकबालले उत्तर पश्चिम भारतीय राज्य आर जूर दिएका थिए की पाकिस्तान देशको। रहमत अलीले १९३३मा१९३३ मा पर्चा छापेर त्यस अलग देशको नाम पाकिस्तान राखी दिए। कांग्रेसको साथ वार्ता विफल भए पछी जिन्नालाई पनि यो विचार आयो कि मुसलमानहरूको आफ्नो अधिकारको रक्षाको लागी एक अलग देश प्राप्त नै हुनु पर्यो बिना यसको काम बन्दैन। पछी गएर जिन्नालाई यो विचार बिल्कुल पक्का भयो कि हिन्दू र मुसलमान दुबै अलग-अलग देशको नागरिक हुन अत: उनलाई अलहदा कर दिया जाये। उनको यही विचार पछी गएर जिन्नाको द्विराष्ट्रवादको सिद्धान्त भनिने छ।
जिन्नाले भने कि भारतमा मुसलमानहरूको साथ अन्याय हुनेछ र अन्तमा गृहयुद्ध फैलिनेछ। यो कुरा जिन्नाले इकबालको साथ पत्राचारमा पनि उठाए। १९४०को१९४० को लाहौर अधिवेशनमा एक प्रस्ताव पारित गरेर यो भनियो कि मुस्लिम लीगको मुख्य उद्देश्य पाकिस्तानको निर्माण हो। कांग्रेसले यस प्रस्तावलाईइ अस्वीकार गरि दियो। मौलाना अब्बुल कलाम आजाद जस्ता नेताहरू र जमाते-इस्लामी जस्ता सङ्गठनहरूले यसको कडा निन्दा गरे। २६ जुलाई, १९४३को१९४३ को खाकसार उग्रवादिहरूको हमलामा जिन्ना घायल भए। जिन्नाले १९४१मा१९४१ मा डन समाचार पत्रको स्थापना गरे, जसकोजस द्वारा उनले आफ्नो विचारको प्रचार-प्रसार गरे। जिन्नाले द्वितीय विश्व युद्धको समयमा ब्रिटेनको मदद गरेका थिए र १९४७मा१९४७ मा उनले भारत छोडो आन्दोलनको विरोध गरेका थिए। यूनियनिस्ट नेता सिकन्दर हयात खानको मृत्यु पछी पञ्जाबमा पनि मुस्लिम लीगको वर्चस्व बढयो। १९४४मा१९४४ मा गान्धीजीले बम्बईमा जिन्नासंग चौध पटक कुराकानी गरे, तर हल केही पनि निस्किएन।
